Lambang organisasi PKPM NUKU YOGYAKARTA sebagaimana tertera pada atribut-atribut administrasi organisasi, yang memiliki arti sebagai berikut:
1. Bentuk Heksagon, terinspirasi dari stempel kesultanan tidore pada saat itu.
2. Bentuk kubah Mesjid dan Bintang, Memiliki arti Kota Tidore Kepulauan sebagai Daerah Kerajaan Islam
3. Gunung Dan Laut, Merupakan Representasi dari Kota Tidore Kepulauan yang Kaya akan Sumber Daya Alam
4. Buku, memiliki arti bahwa Organisasi ini mrupakan organisasi terpelajar
5. Parang Dan Salawaku, Merupakan senjata tradisional dari Kota Tidore Kepulauan
6. PKPM NUKU Yogyakarta dan Tahun 1996, merupakan nama dan tahun berdirinya organisasi