Cikal bakal lahirnya organisasi ini berawal dari keberadaan sebagian anggotanya yang bergabung bersama organisasi IKPM KIE RAHA, sebuah organisasi kedaerahan yang mewadahi keluarga, pelajar, dan mahasiswa dari Kabupaten Maluku Utara dan Halmahera Tengah. Namun, seiring waktu, organisasi ini dinilai kurang efektif dalam mewadahi seluruh anggotanya. Pada tahun 1993, beberapa anggota dari Tobelo, Tidore, dan Ternate menginisiasi pendirian organisasi baru yang lebih representatif bagi mahasiswa Halmahera Tengah.
Setelah berbagai diskusi dan konsultasi dengan pemerintah daerah serta organisasi lain, akhirnya pada 6 Mei 1996 berdirilah PKPM Halteng Yogyakarta. Organisasi ini kemudian mengalami perubahan nama menjadi PKPM Nuku Yogyakarta seiring dengan pemekaran wilayah Tidore sebagai kota administratif tersendiri.
Nama "NUKU" diambil dari Sultan nuku , pahlawan nasional dari Tidore, sebagai simbol semangat perjuangan. Hingga saat ini, Yogyakarta tetap berkomitmen untuk menjadi wadah bagi keluarga, pelajar, dan mahasiswa yang berasal dari Kota Tidore Kepulauan, serta menjaga tradisi dan budaya di perantauan.
Pkpm Nuku, Dadi Gou-Gou!